Markdown 预览样式和 MarkEditor 主题一样吗？

不一样。
MarkEditor 的主题控制的是整体界面的呈现，自定义规则的数量比较多。同时，MarkEditor 内有算法，会自动从主题中推演出一份 Markdown 预览用的 CSS 规则集。
如果需要对部分的 CSS 规则进行 patch(打补丁)，或者完全推倒重新自定义，一般有两种方法(择其一即可):
1， 直接使用 CSS 规则，利用其自身的优先级关系，覆盖掉 ME 默认提供的规则。
2，同时直接重新定义 Markdown 最终 HTML 输出时候的源码，不使用 ME 默认提供的 CSS 规则。

如何自定义 CSS？

第一步，打开根目录的配置窗口(快捷键为 Shift+Command+, 或者点击文件管理器的左下角按钮)； 第二步，填入自定义 CSS 规则即可。

其它参考

如何自定义 Markdown 预览的模板
如何理解 MarkEditor 的CSS引擎
如何理解HTML预览样式的构成和优先级